Brněnský sbor vznikl v roce 1991 z členů ECM farnosti Mikulov a sboru Znojmo, kteří se během let přestěhovali do Brna. Uvolněné politické poměry umožnily vznik nové farnosti, do níž byl zařazen sbor v Blansku a Znojmě (nyní je opět součástí farnosti Jihlava). Zpočátku se brněnský sbor scházel v centru města v pronajatých prostorách. V roce 1995 byl silně poznamenán odchodem kazatele a převážné části aktivních členů. Pod vedením nového kazatele se sbor soustředil na misijní práci v brněnském sídlišti Bystrc.

Od srpna 2004 do června 2017 byla kazatelkou Jana Křížová, v létě 2017 nastoupila sestra farářka Jana Daněčková. Od začátku roku 2022 byl post faráře v brněnské farnosti neobsazen a farnost byla administrována farářem Mikulovské farnosti ECM, tedy nejprve Ctiradem Hrubým a od srpna 2022 Pavlem Procházkou. 

Od července 2023 přestal být sbor Brno samostatnou farností a nyní je zařazen pod farnost Jihlava jako jeden ze sborů jihlavské farnosti. Farářem jihlavské farnosti je Ctirad Hrubý, odpovědnost za brněnský sbor ale byla svěřena Davidu Chlupáčkovi.

Sbor nevlastní žádný dům ani jiné prostory, schází se v misijním středisku římsko-katolické církve Archa. Nedělních bohoslužeb se zúčastňuje většinou méně než 10 lidí včetně dětí.